Родился 1 июля 1849 г. в семье настоятеля храма Сэйюндзи ордена Синсю Отани ветви Хигаси Хонган-дзи школы Дзёдо-синсю.
В юности изучал классические буддийские переводы на китайский язык и доктрину буддизма. В период Войны Босин (1867—1868) накануне Реставрации Мэйдзи он провел один год в рядах сторонников сёгуната. После службы вернулся к монашескому обучению.
В 1876 г. он отправился в Европу, где проучился 8 лет, освоив санскрит и индийскую философию у ведущих европейских учёных, прежде всего у Макса Мюллера, профессора Оксфордского университета.
В 1884 г., по окончании магистратуры в Оксфорде со степенью honoris causa, вернулся в Японию. Вплоть до своей смерти был профессором и главой ряда буддийских учебных заведений.
Нандзё стал одним из столпов обновленческого движения в японском буддизме, настаивавшем на ревизии старых китайских переводов буддийского канона на основании сверки с санскритскими оригинальными текстами и переводами на другие языки.
30 сентября 2024 г. (понедельник) в 14:00 состоится заседание Ученого Совета, на котором будет заслушан доклад директора ИВР РАН, чл.-корр. РАН И. Ф. Поповой «Российское академическое востоковедение. Государственная миссия».